U prefekturi Heraklion se može birati u koji od brojnih tematskih muzeja, koji približavaju slavnu prošlost grada na prikladan nači, otići. Na ovaj način se ispunjava i lokalna potražnja za kulturnom aktivnošću.

Muzeji Herakliona:

〉 Arheološki muzej se smatra jednim od najvažnijih muzeja na svetu, predstavljajući “magacin” Minojske civilizacije. Slavna prošlost još iz davnih vremena, može biti viđena u hiljadama arheoloških pronalazaka, uključujući Festos disk, zlatna ogrlica nađena u Malji i glinene figure igrača iz Kamilarija.

〉 Istorijski muzej Herakliona – muzej predstavlja evoluciju grada kroz vreme. Hronološki je uređen. Među svim izložbama, od specijalnog interesa su tri slike El Greka i nekoliko rukopisa Nikosa Kazancakisa.

〉 Muzej Kritske etnologije u Voroiu – u centru pažnje su slike iz svakodnevice iz starog Krita, kao i izložbe slika popularne kulture ostrva.

〉 Prirodno istorijski muzej u uvali Dermatas – interesantno je reći da posetioci imaju priliku da učestvuju u interakciji u 3D izložbama.

〉 Nikos Kazancakis muzej u Mirtiji – ovo je mesto rođenja slavnog pisca. U muzeju su iskorišćene moderne metode, da bi posetioci mogli da sa uživanjem osete sjajan život i dane Nikosa Kazancakisa. Ovde se mogu naći rukopisi, retke fotografije, lične stvari, materijal sa predstava njegovih dela, portreti i skulpture, kao i nekolicina prevoda i prvih izdanja njegovog rada.

〉 Izložbe u Menelaos Parlamas muzeju ruralnog života u Piskopianu u Hersonisosu – fokus je na kritskom selu i ruralnom životu. Kolekcija uključuje kovačku radionicu, vinsku presu, rakokazano – tradicionalni kotao za spravljanje lokalnih pića, kao i mnogi drugi objekti iz 19.veka.

〉 Zaros folklorni muzej – nalazi se u renoviranom dvorcu. Izložbe ilustruju kakav je bio život u komunama u prošlosti.

〉 Arolitos muzej ruralne istorije i narodnih zanata je stvoren unutar tradicionalnog naselja. U njemu se cele godine organizuju kulturni događaji.

〉 Lihnostatis otvoren muzej kamenog rada i mantinade, lokalne tradicionalne poetske forme. Nalazi se u Hersonisosu. Muzej je pravljen samo od sirovog materijala, kao što je kamen, drvo i glina, bez pomoći mašina. U njemu se nalazi veliki broj interesantih kolekcija koje pokrivaju nekoliko segmenata kao što su prirodna istorija, folklor, fina umetnost i predindustrijalna tehnologija.

〉 Kretakvarium – poseta akvarijumu je organizovana tako da oduševi i decu i odrasle. Mediteranski prizori su izloženi u 60 tankova, različitih zapremina, od 125 do 900.000 litara. Svi skupa čine muzej sa 100 tačaka za posmatranje, gde posetioci mogu da se dive meditranskim i tropskim vrstama, kojih ovde ima čak 2500. Revolucionarna interaktivna aplikacija je tu da bi posetiocu omogućila lakše razumevanje i doživljaj.

〉 Muzej hrišćanske umetnosti Sveta Katarina od Sinaja – postoji od 1967. Ikone i nasleđe su glavna tema muzeja. Ovde je velika kolekcija Vizantijskih ikona i objekata obožavanja, obuhvata šest vekova istorije pravoslavne crkve (14. do 19. veka). Izložbe uključuju šest jedinstvenih opusa renomiranog slikara ikona Majkla Damaskinosa, glavnog predstavnika kritske škole ikonopisa.